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Il gene CFTR normale agisce attraverso la produzione di una proteina CFTR normale, localizzata sulla membrana apicale delle cellule epiteliali che rivestono dotti e cavità di molti organi del nostro corpo, costituendo una specie di canale che favorisce il passaggio di cloro (ma anche di altri elettroliti) dall'interno all'esterno di tali cellule, con conseguente difetto di secrezione di acqua.
Il gene CFTR difettoso produce una proteina CFTR difettosa. Il gene CFTR è difettoso quando la sequenza del DNA che lo compone contiene una mutazione. Si conoscono oggi più di 1800 mutazioni del gene CFTR. La più frequente in tutte le popolazioni è la mutazione DF508 (o F508del).
In base al tipo di mutazione si hanno diversi effetti sulla proteina CFTR: alcune mutazioni fanno sì che essa non venga prodotta affatto, altre permettono che venga prodotta una proteina poco funzionante o ridotta in quantità. Però non di tutte le mutazioni si conosce l'effetto ultimo sulla proteina CFTR e quindi sulle loro conseguenze cliniche.
Le mutazioni di cui si conosce l'effetto sulla proteina CFTR sono state suddivise in classi (da I a V). Le mutazioni appartenenti alle classi I, II e III alterano maggiormente il destino della proteina, non consentendone affatto la produzione (classe I) o producendo una proteina molto difettosa (classe II e III); quelle di classe IV consentono la sintesi di una proteina difettosa ma capace di svolgere seppure in piccolissima misura la sua funzione; quelle di classe V permettono la produzione di una certa quota, anche se piccola, di proteina normale.
Si conoscono gli effetti delle mutazioni sul pancreas: le mutazioni di classe I e II e III determinano insufficienza pancreatica; quelle di classe IV e V permettono (con qualche eccezione) che il pancreas funzioni.
Non si conoscono ancora sufficientemente le relazioni fra le mutazioni e l'interessamento di altri organi oltre al pancreas: polmoni, fegato, intestino, apparato riproduttivo. In particolare, non si conoscono ancora sufficientemente gli effetti delle mutazioni sul polmone. Dal momento che le mutazioni di classe I, II, III provocano un difetto maggiore nella proteina CFTR, si può ritenere in linea di massima che provochino maggiori sintomi polmonari. Ma si è visto che gli effetti genetici sul singolo malato dipendono, oltre che dall'interazione nella coppia di mutazioni CFTR che costituiscono il genotipo ,(nel caso che una mutazione sia di una classe e l'altra di un'altra), anche dall'influsso di geni modificatori (geni diversi dal CFTR, anche collocati su altri cromosomi), di recente scoperti. Questi geni possono aggravare o alleggerire l'effetto delle mutazioni CFTR.
Si può dire, in base a quello che oggi sappiamo, che l'evoluzione della malattia polmonare e quindi, nella maggior parte dei casi, la durata e la qualità della vita della persona con FC, dipende da un insieme di fattori, che sono in parte genetici e in parte di altra natura. Fattori genetici sono le mutazioni del gene CFTR e i geni modificatori. Fattori non genetici sono le cure che vengono praticate e il livello di aderenza ad esse, l'ambiente (famiglia, scuola, gioco, sport, lavoro, socializzazione, clima) in cui la persona con fibrosi cistica vive, lo stile di vita che adotta. Data la grande varietà delle combinazioni di questi fattori, ogni malato è diverso dall'altro e non è possibile su basi scientifiche. un'accurata previsione individuale dell'andamento della malattia e della durata della vita.