Progetto FFC #9/2003 ( Si conclude al 31.08.05)

Titolo: Sviluppo di un test diagnostico rapido per discriminare le specie e i genomovars di Burkholderia cepacia complex nelle analisi cliniche routinarie che interessano pazienti con fibrosi cistica Responsabile: R. Fani, (Dip. Biologia Animale e Genetica, Università di Firenze) Partners: G. Manno,( Lab. Malattie Infettive, Dip. Pediatria Ist. G. Gaslini, Università di Genova); S. Tabacchioni, (Sez. Genetica e Genomica Vegetale, ENEA, Roma); G. Taccetti, (Centro Fibrosi Cistica, Firenze) Durata: 2 anni Finanziamento: 30.000 euro Risultati: I batteri appartenenti al Burkholderia cepacia complex (Bcc) rappresentano una delle principali cause di infezione e mortalità nei pazienti FC. Attualmente il Bcc comprende 9 specie che spesso sono difficili da identificare nella routine clinica. Il progetto ha previsto la messa a punto di un metodo diagnostico innovativo, basato sulla tecnica SNuPE (Single Nucleotide Primer Extension), che permette di ottenere un profilo, simile ad un codice a barre, specifico di ogni specie. A questo scopo un frammento del gene gyrB di circa 1900 bp di 68 ceppi clinici e ambientali, rappresentativi di tutte le specie, è stato amplificato mediante PCR e sequenziato. L'analisi delle sequenze ottenute ha evidenziato più di 400 siti polimorfici; 6 di questi sono stati utilizzati per disegnare un set di 6 "primer" (sequenza specifica di DNA usata per l'analisi genetica) impiegati per ottenere profili specifici di ogni specie. I primer sono stati utilizzati sia singolarmente che contemporaneamente sul DNA di 27 ceppi batterici rappresentativi di tutte le specie del Bcc. I risultati mostrano che i profili ottenuti permettono di discriminare le diverse specie del Bcc e pertanto evidenziano le grandi potenzialità di questa tecnica nelle analisi cliniche di routine.