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19 Dicembre 2019

Come si calcola il valore predittivo (probabilità) della condizione di portatore sano o di malato FC in un figlio quando un genitore è già conosciuto come portatore sano e l’altro è negativo al test genetico

Autore: Stefania
Domanda

Buongiorno e grazie in anticipo per questo utile servizio.
Durante uno screening neonatale a mia figlia di un mese è stata riscontrata una mutazione in eterozigosi (non ci hanno comunicato altro) per FC. Io feci prima della gravidanza un test su 35 mutazioni, risultando portatrice sana (eterozigosi F508del), motivo per cui mio marito fece lo stesso ma su un pannello di 300 mutazioni, risultando “Non portatore”. Preciso che i test li abbiamo fatti senza alcuna indicazione medica, ma solo perché mi ero informata in modo autonomo sulla malattia. So che le mutazioni CFTR sono più di 900 ma a livello probabilistico secondo voi possiamo essere ottimisti o no? Sono preoccupata.
Mia figlia sarà sottoposta a test del sudore, sono certa che a prescindere da quali saranno i risultati, cercherò di fare più informazione nel mio piccolo e sarò felice di fare delle donazioni per la ricerca. Vi ringrazio molto per questo servizio che offrite e la vostra professionalità, che non è affatto cosa abitualmente scontata. Buon lavoro.

Risposta

Cerchiamo di stimare, se non fosse già stato fatto in sede di consulenza genetica, qual è il rischio di avere un bambino con fibrosi cistica da parte di questa coppia in cui lei è portatrice sana F508del e lui ha fatto il test per sapere se è portatore ed è risultato negativo.

Non sapendo con precisione che tipo di test siano stati fatti, formuliamo due ipotesi sulla detection rate ovvero la capacità di identificazione delle mutazioni CFTR del test applicato. Questa detection rate oggi con i test in commercio abitualmente varia fra l’85% e il 90%, vale a dire che il test è in grado di identificare l’85% o il 90% delle mutazioni, a seconda del numero delle mutazioni incluse nel pannello diagnostico. La detection rate può essere anche maggiore, ma allora è raggiunta attraverso tecniche diverse (Tecniche NGS) che non implicano un pannello di mutazioni, ma l’indagine sull’intero gene.

Chi risulta negativo al test del portatore dovrebbe sapere che non ha escluso il suo rischio di essere portatore, ma ha un rischio residuo di esserlo, rischio tanto più basso quanto più alta la detection rate (capacità di identificazione di mutazioni) del test a cui si è sottoposto. Questo dovrebbe essere spiegato nel colloquio di consulenza genetica, utile sempre, ma assolutamente indispensabile nelle coppie formate da un portatore e un non portatore.

Se chi è risultato negativo al test ha fatto un test con detection rate dell’85%, il suo rischio residuo di essere portatore si può stimare attraverso una formula di statistica medica (formula di Bayes): risulta pari a 1 su 200 circa (una probabilità su 200 di essere portatore anche se è risultato negativo al test). Se ha fatto un test con detection rate del 90%, il suo rischio residuo di essere portatore si può stimare intorno a 1 su 300 (una probabilità su 300 di essere portatore anche se è risultato negativo al test). Il rischio di avere un bambino con FC per la coppia composta da una portatrice accertata e un soggetto negativo al test con rischio residuo di essere portatore pari a 1/200 si può calcolare così: 1/800 circa (cioè, 1 x1/200 x1/4 =1/800). Il rischio di avere un bambino con FC per la coppia composta da una portatrice accertata e un soggetto negativo al test con rischio residuo di 1/300 si può calcolare così: 1/1200 circa (cioè, 1x 1/300 x 1/4= 1/1200).

Quindi, sul caso in questione, a livello di probabilità, sono di gran lunga maggiori le probabilità che il bambino non sia affetto da FC (potrebbe essere portatore sano della stessa mutazione F508del della mamma) rispetto a quelle di essere affetto.

G. Borgo


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