Il progetto è stato realizzato attraverso metodologie quali il clonaggio, la valutazione della minima concentrazione inibente, l’inattivazione genica, la PCR quantitativa, la purificazione delle proteine, i saggi enzimatici e la cristallizzazione delle proteine. I ricercatori hanno identificato due meccanismi che conferiscono a Burkholderia resistenza agli antibiotici tradizionali: essi sono basati soprattutto sulla produzione eccessiva delle pompe di efflusso RND-4 e RND-9. Più in generale è stato chiarito il ruolo dei trasportatori RND nelle cellule planctoniche (batteri liberi e non assembrati in colonie) e nei biofilm di B. cenocepacia. Sono state testate nuove molecole con il risultato di identificare un altro derivato della Piridina attivo contro B. cenocepacia. Inoltre, sono stati isolati nuovi componenti di un meccanismo fondamentale per la resistenza del batterio: il Quorum Sensing (QS). I dati ottenuti permettono studi per disegnare nuovi farmaci (drug design), che portino alla sintesi di composti adatti alla sperimentazione in trials clinici.
Methods used were molecular cloning, Minimal Inhibitory Concentration evaluation, gene inactivation, qRT-PCR, protein purification, enzymatic assay setup, crystal screening. Two resistance mechanisms were identified, which relie on RND-4 and RND-9 efflux systems over-expression; moreover the role of the other RND efflux transporters was elucidated. These mechanisms are important in protecting B. cenocepacia planktonic and sessile cells when exposed to different drugs. A lot of molecules was screened and another active Piridine derived compound effective against B. cenocepacia was found . Quorum Sensing synthases were characterized and an inhibitor of CepI was found. The crystal structure of BCAM0581 was obtained .Drug design studies based on these structural data are now available, so that to sinthetize new drugs suitable for clinical trials will be possible.
