I batteri fermentanti contenuti nello yoghurt ma anche nei cosiddetti fermenti lattici (chiamati anche probiotici), sono batteri non patogeni. Il loro compito è quello di mantenere il giusto equilibrio nella popolazione batterica che alberga abbondante nell'intestino crasso. A questi batteri vengono attribuiti effetti benefici di vario tipo. Da questi batteri (definiti anche "commensali"), come da quelli che popolano abitualmente un intestino sano, non c'è da attendersi alcuna azione infettiva.
Cogliamo l'occasione di ricordare che l'intolleranza (o l'allergia) alle proteine del latte, più comune nelle primissime età della vita, ha in genere tendenza ad attenuarsi, fino anche a scomparire, con l'età che avanza. Questo fatto è da tener presente, facendo adeguate verifiche, in modo particolare in un bambino con fibrosi cistica, perché la soppressione dall'alimentazione del latte e dei suoi derivati (formaggi) sottrae una importante opportunità di cibi completi e caloricamente ricchi che consentono varietà e gusto all'alimentazione stessa.