Pseudomonas aeruginosa subisce sostanziali modificazioni fenotipiche durante il processo di infezione cronica, che includono: (1) variazioni nella morfologia delle colonie da non mucoide a mucoide; (2) variazioni nel lipopolisaccaride (LPS) da liscio a rugoso; (3) perdita della mobilità; e (4) sviluppo di resistenza a molteplici agenti antimicrobici. Questi attributi sono stati ritrovati raramente nei primi isolamenti. In letteratura è documentata l'associazione tra conversione del fenotipo mucoide e peggioramento della funzione polmonare. Lo stesso vale per la resistenza agli antibiotici che porta inevitabilmente ad una difficoltà di eradicazione di P. aeruginosa. Riguardo alle altre variazioni fenotipiche, tra cui la trasformazione da liscio a rugoso, non esiste una chiara correlazione con l'andamento clinico. La presenza di fenotipi rugosi indicano che durante la colonizzazione del polmone del malato FC c'è stata una trasformazione nel lipopolisaccaride del batterio. Il lipolisaccaride rappresenta una importante struttura di superficie e media l'interazione dell'agente patogeno con il suo ospite. Il LPS è coinvolto nella colonizzazione, nella resistenza alla fagocitosi ed è sede dei determinanti antigenici. Questi cambiamenti potrebbero favorire la colonizzazione e diventare più resistenti al sistema immunitario dell'ospite. Non necessariamente risultano essere irradicabili dagli antibiotici. E' necessario vedere l'antibiogramma per stabilire come procedere con la terapia.