Polimorfismi Poly-T e Poly-TG del gene CFTR: quando sono varianti innocenti e quando si comportano come mutazioni lievi

18 Febbraio 2015

autore

M. M.

Domanda

Ho eseguito l’indagine completa del gene CFTR (frequenze analizzate su 1200 alleli CF e screening delezioni del gene). Nel risultato dell’indagine genetica però non ho trovato i dati riguardanti i polimorfismi del gene CFTR. Nel campo polimorfismi c’è scritto con un carattere piccolissimo: “PoliT int.8=9/9. I polimorfismi identificati nel gene CFTR non vengono riportati in base alla consensus on the use and interpretation of cystic fibrosis mutation analysis in clinical practise“. Come posso sapere i valori dei polimorfismi Poly-T e le ripetizioni-TG? Vorrei sapere se ho allele 5T o 7T o TG12, che con altre mutazioni (che ho) possono creare problemi.

Risposta

Per rispondere a questa domanda dovremmo conoscere la ragione per cui è stato fatto il test genetico. Come detto molte altre volte, il test genetico per la ricerca delle mutazioni CFTR può essere eseguito con tecniche di laboratorio molto diverse a seconda dell'esigenza. Qui è stato eseguito, sembra di capire, con tecniche molto approfondite. Perché?

Le tecniche molto approfondite non si applicano quando in gioco c'è lo screening del portatore sano FC. Per questa esigenza il test deve indagare esclusivamente le mutazioni più frequenti nella popolazione di riferimento per chi chiede il test, deve indagare mutazioni che abbiano effetto patologico certo, non deve indagare i polimorfismi del gene CFTR ovvero le varianti del gene con significato patologico incerto. I polimorfismi del complesso Poli-T appartengono a quest'ultima categoria. Nella risposta del laboratorio viene citato il documento internazionale che suggerisce questo comportamento (da noi ritenuto pienamente condivisibile). In contraddizione con la citazione del documento linea-guida, c'è però il fatto che comunque viene riportata la risposta circa i polimorfismi del complesso Poli-T presenti nell'introne 8 del gene CFTR: essi sono in questo caso 9T/9T. Sono polimorfismi assolutamente irrilevanti ai fini del buon funzionamento del gene CFTR, quindi assolutamente non importanti, né ai fini della diagnosi di portatore sano FC, né per diagnosticare le ragioni di un'infertilità di coppia, né per chiarire il sospetto di malattia FC.

Per approfondire questo tema dei polimorfismi, suggeriamo di leggere su questo sito l'articolo Frequenza e significato dei polimorfismi "Poly-T" e "Poly-TG".