Gli effetti collaterali sono un’azione ulteriore rispetto a quella principale del farmaco. I farmaci che si usano in fibrosi cistica in modo continuativo, come i modulatori, possono determinare effetti secondari. Alcuni possono essere benefici e contribuire al miglioramento dello stato di salute della persona, come il miglioramento del controllo della glicemia e il possibile aumento della fertilità femminile. Altri invece possono essere non desiderati e rappresentare vere e proprie reazioni avverse come alterazioni della funzionalità del fegato, rash cutanei, ansia e depressione. In alcuni casi, quando gli effetti negativi risultano particolarmente critici, la terapia può essere modificata o interrotta. 

Proprio per conoscere sempre meglio gli effetti dei farmaci, la ricerca non si ferma quando un farmaco viene messo a disposizione della popolazione, ma prosegue con attività di monitoraggio (dette post-marketing): un esempio è il progetto FFC Ricerca Kaftrio nella vita reale, che valuta efficacia e sicurezza del modulatore.