Intanto va detto che è realmente possibile che la Pseudomonas aeruginosa si insedi nell'albero respiratorio per un certo tempo e poi scompaia, pronta eventualmente a reinsediarsi dopo un tempo variabile, che può essere anche molto lungo: questo capita più frequentemente nei bambini piccoli. Questo può avvenire spontaneamente o per merito di un trattamento antibiotico fatto, anche ripetutamente, con l'intento di eradicare il batterio. Tuttavia è legittimo dubitare che l'assenza di Pseudomonas negli esami batteriologici correnti significhi sempre reale scomparsa del batterio dall'albero respiratorio. Questo può capitare nei soggetti che non espettorano e per i quali l'analisi batteriologica viene fatta su tampone di gola o su materiale aspirato dal faringe (in genere bambini piccoli): i batteri che abitano il tratto bronchiale profondo non sempre corrispondono a quelli che si ritrovano nelle prime vie aeree o in gola. La modalità più corretta e sicura per la raccolta del materiale da esaminare è l'aspirato bronchiale profondo o il lavaggio bronchiale in broncoscopia, ma ovviamente questo è un approccio invasivo che va riservato solo a situazioni particolari. Possiamo però dire che se un soggetto è capace di espettorare il materiale espettorato è quasi sempre idoneo per una corretta analisi batteriologica. C'è un esame che aiuta a capire se vi sia colonizzazione da Pseudomonas di fronte a negatività dell'analisi batteriologica: la determinazione di anticorpi anti-Pseudomonas nel sangue. Un certo livello di presenza di questi anticorpi sta a significare che il batterio è presente e sta lavorando nell'albero respiratorio. Dobbiamo però considerare che, se un soggetto attua con regolarità l'analisi batteriologica e questa risulta per lungo tempo negativa per Pseudomonas, come nel caso addotto nella domanda, è assai improbabile che quel soggetto sia colonizzato da Pseudomonas.