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4 Aprile 2011

Nuove tecniche per identificare mutazioni CFTR rare o rarissime

Autore: Silvia
Domanda

16 anni fa, in seguito a positività dello screening neonatale e test del sudore (con valori che variavano da Na 42/Cl 56 a Na 55/Cl 78) fu posta per mio figlio la diagnosi di fibrosi cistica. L’indagine genetica ha evidenziato solo la mutazione trasmessa dal padre: T338I. All’epoca, per individuare la mutazione trasmessa da me, furono studiate con metodi RDB, DGGE, RFLP’s le seguenti mutazioni: DF508, G551D, G542X, DI507, R553X, N1303K, W1282X, 1717-1G-A, R560T, S548R, S549N, 3849+10kb, R1162, 3859delC, 3905lnaT, G85E, 821+1GT, R117H, Y122X, 711+1GT, 1078delT, R347P, R347H, R334W, A455E, 1898+1GA, 2183AA-G, 2789+5GA, 541delC, I148T, 821+3QG->A, 457TAT->G, R117C, R117L, A120T, D110E, 711+5G->A, E193K, G178R, R347H, R352Q, T338I, A309D, M348K, 1078delT, Y301C, Q552X, 1782delA, 1896+3A->G, D579G, E585X, Y569D, 1898+5G->T, D614G, H609R, R1088H, R066C, L1065P, F1052V, L1077P, R1158X, D1168G, S1251N, G1244E, D1152H. Con tecnica DGGE sono stati inoltre indagati per la presenza di mutazioni i seguenti esoni del gene CFTR: 1, 2, 3, 4, 5, 6a, 6b, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14a, 14b, 17b, 18, 19, 20. La ricerca dette esito negativo. La mia domanda è: a distanza di anni, con i progressi di ricerca e (forse, se ce ne sono) nuove mutazioni individuate, e’ possibile riprendere l’analisi del DNA con la speranza di ottenere un risultato? Anche e non solo alla luce del fatto che i nuovi farmaci in via di sperimentazione, sembrano essere sempre più mirati per specifiche mutazioni, sento la necessità di dare un nome a questa mutazione mancante. Grazie per il lavoro che fate.

Risposta

Sicuramente nel campo della ricerca delle mutazioni CFTR in questi anni sono stati fatti notevoli progressi, perciò il nostro consiglio è di rivolgersi al centro e/o laboratorio che ha fatto le indagini precedenti e chiedere di riprendere in mano il DNA per trovare la mutazione mancante. Nello specifico, rispetto alle tecniche riferite, ne sono entrate in uso oggi altre dotate di maggiore sensibilità (= capacità di identificare mutazioni CFTR), come ad esempio la tecnica DHPLC, QMPSF, il sequenziamento diretto del DNA, la ricerca di mutazioni di “riarrangiamento” (1,2).

Quindi è oggi più probabile rispetto a tempo fa trovare anche mutazioni rare o rarissime. Rimane sempre una piccola quota di malati FC in cui una o (assai più raramente) entrambe le mutazioni non vengono identificate: a seconda del test usato, più o meno approfondito, questa quota può variare fra il 5% e il 2%. 1) Svensson AM, Chou LS et all: “Detection of large rearrangements in the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene by multiplex ligation-dependent probe amplification assay when sequencing fails to detect two disease-causing mutations.” Genet Test Mol Biomarkers 2010; Apr14 (2) :171-4 2) Lucarelli M et all “A 96-well formatted method for exon and exon-intron boundary full sequencing of the CFTR gene” Analytical Biochemistry 2006; 353(2):226-235

G. Borgo


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